Yüksek Din Öğretimi’nin bu derece tartışılmasının sebepleri arasında bu kurumlarda eğitim görüp mezun olanların Milli Eğitim Bakanlığı bünyesindeki okullarda öğretmen, Diyanet İşleri Başkanlığında imam, müezzin, müftü ve vaiz, Yüksek Eğitim kurumlarında da öğretim elemanı olarak çalışmaları gösterilebilir.
Bir diğer ve asıl sebep ise Cumhuriyet’in ilk dönemlerinde din eğitimi üzerinde görülen yoğun baskılardır. İlahiyat fakülteleri kurulduğu 1924 yılından günümüze kadar var olduğu her dönemde vaki olan siyasi gelişmelerden ilk etkilenen kurum olmuştur.